| Conditional Knockdown of Proteins Using Auxin-inducible Degron (AID) Fusions in Toxoplasma gondii
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Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract] Toxoplasma gondii is a member of the deadly phylum of protozoan parasites called Apicomplexa. As a model apicomplexan, there is a great wealth of information regarding T. gondii’s 8,000+ protein coding genes including sequence variation, expression, and relative contribution to parasite fitness. However, new tools are needed to functionally investigate hundreds of putative essential protein coding genes. Accordingly, we recently implemented the auxin-inducible degron (AID) system for studying essential proteins in T. gondii. Here we provide a step-by-step protocol ...
[摘要] 弓形虫是原生动物寄生虫称为Apicomplexa致命门的一员。 作为一个复杂的模型，关于T的信息有很多。 gondii的8,000多种蛋白质编码基因，包括序列变异，表达和对寄生虫适应的相对贡献。 然而，需要新的工具来功能性地调查数百个推定的必需蛋白质编码基因。 因此，我们最近实施了生长素诱导降解（AID）系统来研究T中的基本蛋白质。弓形虫。 在这里，我们提供了一个检查蛋白质功能的一步一步的协议。 在组织培养环境中使用AID系统。
【背景】生长素是一类通过靶向某些蛋白质在植物中进行蛋白酶体降解而发出信号的植物激素（Teale等人，2006）。 Kohei Nishimura等人具有将该植物特异性信号传导系统的组分转移到其他真核生物中用于有兴趣的蛋白质（POI）的条件调节，创建生长素诱导降解（AID）系统的聪明想法（Nishimura等人，2009）。这个系统已经被成功地用于几种真核生物，包括疟原虫疟原虫（Kreidenweiss et al。，2013; Philip和Waters，2015）。只需要两个转基因成分来实现这个系统，称为转运抑制剂反应1（TIR1）的植物生长素受体和用AID标记的POI。用生长素（例如，3-吲哚乙酸/ IAA）处理活化SCF ...
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| Detection of ASC Oligomerization by Western Blotting
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] The apoptosis-associated speck-like protein with a caspase-recruitment domain (ASC) adaptor protein bridges inflammasome sensors and caspase-1. Upon inflammasome activation, ASC nucleates in a prion-like manner into a large and single platform responsible for the recruitment and the activation of caspase-1. Active caspase-1 will in turn promote the proteolytic maturation of the pro-inflammatory cytokine IL-1β. ASC oligomerization is direct evidence for inflammasome activation and its detection allows a read-out independent of caspase-1 and IL-1β. This protocol describes how to detect the ...
[摘要] 具有半胱天冬酶募集区（ASC）衔接蛋白的凋亡相关斑点样蛋白桥联炎症体传感器和半胱天冬酶-1。在炎性体活化后，ASC以类似朊病毒的方式成核，成为负责募集和激活半胱天冬酶-1的大而单一的平台。活性胱天蛋白酶-1将反过来促进促炎细胞因子IL-1β的蛋白水解成熟。 ASC寡聚化是炎性体激活的直接证据，其检测允许读取与caspase-1和IL-1β无关。该方案描述了如何通过蛋白质印迹检测ASC的寡聚化。
背景 Inflammasomes是大量的多蛋白平台，其感测各种微生物，内源和环境胁迫因子，导致促炎IL-1细胞因子家族的成熟（Martinon等人，2002; Sharma和Kanneganti， 2016）。激活后，炎性细胞传感器通过pyrin结构域（PYD）-PYD同型相互作用募集衔接蛋白ASC。 ASC通过胱天蛋白酶激活和募集域（CARD）-CARD相互作用又结合半胱天冬酶-1，并有利于caspase-1的自我蛋白水解切割，导致IL-1β和IL-18的成熟（Hoss等人。，2016）。 Inflammasome激活引发ASC二聚体的超分子寡聚化成称为“ASC-specks”或“pyroptosome”（Fernandes-Alnemri等人，2007）的大交织原纤维。 ASC-speck / ...
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| DNA Slot Blot Repair Assay
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Author:
Date:
2015-04-20
[Abstract] Ultraviolet (UV) irradiation induces helix distorting photolesions such as cyclobutane pyrimidine dimers (CPD) and pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproducts (6-4PP) which threaten genomic integrity if unrepaired. In mammals, nucleotide excision repair (NER) is the only pathway that removes UV-induced DNA damages. Here we describe DNA slot blot repair assay for quantitative detection of NER activity using DNA damage specific antibodies such as anti-CPD and anti-6-4PP. Briefly, genomic DNA irradiated with UV was isolated from cells, and the genomic DNA was vacuum-transferred to a nitrocellulose ...
[摘要] 紫外线（UV）照射诱导螺旋扭曲光致损伤，例如环丁烷嘧啶二聚体（CPD）和嘧啶 - 嘧啶酮（6-4）光产物（6-4PP），如果未修复则威胁基因组完整性。 在哺乳动物中，核苷酸切除修复（NER）是去除UV诱导的DNA损伤的唯一途径。 在这里我们描述DNA狭缝印迹修复测定NER活性使用DNA损伤特异性抗体如抗CPD和抗6-4PP的定量检测。 简言之，从细胞中分离用UV照射的基因组DNA，使用Bio-Dot SF微量过滤装置（Bio-Rad）将基因组DNA真空转移到硝酸纤维素膜上。 应用识别CPD或6-4PP的单克隆抗体来检测基因组DNA中残留的光损伤量。 对于均匀负载的上样控制，可以通过SYBR金染色进一步分析DNA在膜上。
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