| Low-input Capture-C: A Chromosome Conformation Capture Assay to Analyze Chromatin Architecture in Small Numbers of Cells
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Chromosome conformation capture (3C) techniques are crucial to understanding tissue-specific regulation of gene expression, but current methods generally require large numbers of cells. This protocol describes two new low-input Capture-C approaches that can generate high-quality 3C interaction profiles from 10,000-20,000 cells, depending on the resolution used for analysis.
[摘要] 染色体构象捕获（3C）技术对于理解基因表达的组织特异性调节是至关重要的，但是目前的方法通常需要大量的细胞。 该协议描述了两种新的低输入Capture-C方法，根据用于分析的分辨率，可以从10,000-20,000个细胞生成高质量的3C相互作用谱。
【背景】3C技术在调查调控元件之间的核组织和结构相互作用与基因活性之间起关键作用（Dekker等人，2002）。 由于这些相互作用是高度组织特异性的，3C定义的纯化细胞群进行3C实验是至关重要的。
3C技术的一个主要局限性是所需要的大量细胞：目前的方法使用了10万到10万个细胞（Davies等人，2017）。 这些数字中不包含许多原发性组织和稀有细胞群。 因此，我们开发了两种新的低输入Capture-C方法，可以从最大分辨率的〜20,000个细胞（单独的DpnII片段）和使用基于开窗分析的约10,000个细胞产生高质量的相互作用谱（Oudelaar等人 。，2017）。
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| Identification of Methylated Deoxyadenosines in Genomic DNA by dA6m DNA Immunoprecipitation
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] dA6m DNA immunoprecipitation followed by deep sequencing (DIP-Seq) is a key tool in identifying and studying the genome-wide distribution of N6-methyldeoxyadenosine (dA6m). The precise function of this novel DNA modification remains to be fully elucidated, but it is known to be absent from transcriptional start sites and excluded from exons, suggesting a role in transcriptional regulation (Koziol et al., 2015). Importantly, its existence suggests that DNA might be more diverse than previously believed, as further DNA modifications might exist in ...
[摘要] 原代小胶质细胞，在单一培养或与神经元或星形胶质细胞共培养，是研究在中枢神经系统（CNS）中小胶质炎症反应和细胞类型特异性相互作用的机制的强大工具。这个协议提供了如何从新生小鼠幼崽制备高纯度原代小胶质细胞的细节。总的步骤包括脑细胞解离，混合胶质细胞培养和小胶质细胞分离。
[背景] 近年来，神经炎症已成为神经科学研究的热点领域。在患有各种神经疾病的患者的脑中观察到炎症反应，例如神经胶质激活和细胞因子上调（Fan等人，2015; Koshimori等人，2015;花园和坎贝尔，2016）。神经炎症不仅被认为是脑中病理变化的结果，而且也是疾病进展的原因（Schwartz等人，2013）。此外，炎症通路的生理功能，其重要性以前被低估，正被揭示为惊人的多才多艺。例如，补体信号通路的激活通常在神经疾病的中枢神经系统（CNS）中观察到，并且被怀疑参与疾病病理生理学（Michailidou等人，2015; Loeffler ...
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| Primer Extension Reactions for the PCR- based α- complementation Assay
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Author:
Date:
2015-06-20
[Abstract] The PCR- based- α- complementation assay is an effective technique to measure the fidelity of polymerases, especially RNA-dependent RNA polymerases (RDRP) and Reverse Transcriptases (RT). It has been successfully employed to determine the fidelity of the poliovirus polymerase 3D-pol (DeStefano, 2010) as well as the human immunodeficiency virus Reverse Transcriptase (HIV RT) (Achuthan et al., 2014). A major advantage of the assay is that since the PCR step is involved, even the low yield of products obtained after two rounds of low yield of RNA synthesis (for RDRP) or reverse ...
[摘要] 基于PCR的α-互补分析是测量聚合酶，特别是RNA依赖性RNA聚合酶（RDRP）和逆转录酶（RT）的保真度的有效技术。它已经成功地用于确定脊髓灰质炎病毒聚合酶3D-pol（DeStefano，2010）以及人类免疫缺陷病毒逆转录酶（HIV RT）的保真度（Achuthan等人，2014）。该测定法的主要优点是，由于涉及PCR步骤，甚至可以使用该测定法测量在两轮低合成RNA合成（对于RDRP）或逆转录（对于RT）后获得的产物的低产率。该测定也模拟逆转录过程，因为进行RNA和DNA指导的RT合成步骤。我们最近使用该测定法显示在生理相关镁浓度下的HIV RT具有与其它逆转录酶相同范围内的准确度（Achuthan等人，2014）。在这里，我们详细描述如何使用引物延伸反应准备插入。然后在基于PCR的α-互补分析中进一步处理制备的插入片段。
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