| RNA Interference Screening to Identify Proliferation Determinants in Breast Cancer Cells
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Author:
Yong-Wei Zhang, Rochelle E. Nasto, Sandra A. Jablonski, Ilya G Serebriiskii, Rishi Surana, Joseph Murray, Michael Johnson, Rebecca B. Riggins, Robert Clarke, Erica A. Golemis and Louis M. Weiner,
Date:
2017-08-05
[Abstract] RNAi screening technology has revealed unknown determinants of various biological signaling pathways in biomedical studies. This protocol provided detailed information about how to use RNAi screening to identify proliferation determinants in breast tumor cells. siRNA-based libraries targeting against Estrogen receptor (ER)-network, including 631 genes
relevant to estrogen signaling, was constructed for screening in breast cancer cells. Briefly, reverse transfection of siRNA induced transient gene knockdown in MCF7 cells. First, the transfection reagent for MCF7 cells was selected. Next, the ...
[摘要] RNAi筛选技术已经揭示了生物医学研究中各种生物信号通路的未知决定因素。 该协议提供了有关如何使用RNAi筛选来鉴定乳腺肿瘤细胞中增殖决定簇的详细信息。 基于siRNA的文库针对雌激素受体（ER） - 网络，包括631个基因
与雌激素信号相关，构建用于筛选乳腺癌细胞。 简单地说，siRNA在MCF7细胞中的逆转染诱导瞬时基因敲低。 首先选择MCF7细胞转染试剂。 接下来，使用Z'评分测定来监测筛选条件是否有效产生。 然后，在优化的实验条件下，ER-网络siRNA文库筛选之前是自动机器。
【背景】RNA干扰（RNAi）是一种生物过程，可通过引发特异性mRNA分子的破坏而被利用来抑制基因表达。通过RNAi技术敲除特定基因通常与表型变化相关联，这使得RNAi广泛用于生命科学研究。两种系统用于高通量RNAi筛选，一种是基于慢病毒的短发夹RNA（shRNA）文库筛选;另一种是基于化学合成的小干扰RNA（siRNA）筛选（Boutros等人，2008）。基于ShRNA的转染诱导细胞中稳定的基因敲低。基于siRNA的转染诱导瞬时基因敲低。慢病毒合并的shRNA文库含有针对基因组DNA或一组基因的shRNA的慢病毒。需要进行以下分析以区分筛选后的靶基因，例如基于芯片的DNA微阵列或下一代测序（NGS）。然而，在基于siRNA的文库中，针对每个单个靶基因的siRNA分布在96孔或384孔板的每个孔中。 ...
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| Liquid luminescent DNA-precipitation Assay
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Author:
Date:
2016-05-20
[Abstract] Working on transcription factors requires studying interactions between protein and DNA. After identification of putative binding-sequences and motifs, Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) experiment is classically used to determine specific interactions of proteins and nucleic acids. This lengthy process is rather heavy-handed because of radioisotopically labeled DNA and autoradiographic visualization that are required for the experiments.
Liquid luminescent DNA precipitation assay provides rapid, reliable and quantitative results concerning protein-DNA interactions. This ...
[摘要] 研究转录因子需要研究蛋白质和DNA之间的相互作用。在推定的结合序列和基序的鉴定之后，电泳迁移率变动分析（EMSA）实验通常用于确定蛋白质和核酸的特异性相互作用。这个漫长的过程相当沉重，因为放射性同位素标记的DNA和实验所需的自动放射成像可视化。
液体发光DNA沉淀测定提供关于蛋白质-DNA相互作用的快速，可靠和定量的结果。这种蛋白质-DNA结合测定基于与洋地黄毒苷标记的（DIG）DNA和结合至谷胱甘肽Sepharose 4B珠粒的谷胱甘肽S-转移酶（GST）融合的DNA结合蛋白（图1）之间的溶液杂交，而不进行电泳（Toshiharu， et al。，，2008）。地高辛是在植物中发现的类固醇。它越来越多地用作核酸和蛋白质的非放射性检测的标签。
图1.液体化学发光DNA下拉试验的表示。谷胱甘肽转移酶（GST）将与谷胱甘肽Sepharose ...
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| Assays to Assess Virulence of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis on Cassava
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Author:
Date:
2015-07-05
[Abstract] Cassava (Manihot esculenta) is a root crop that provides calories for people living in more than 100 tropical and subtropical countries and serves as a raw material for processing into starch and biofuels as well as feed for livestock (Howeler et al., 2013). Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam), the causal agent of cassava bacterial blight (CBB), can cause extensive crop damage (reviewed in Lopez et al., 2012; Lozano, 1986). Bacterial movement, growth in planta and the ability to cause disease symptoms are all important measures of bacterial ...
[摘要] 木薯（ Manihot esculenta ）是一种根茎作物，为生活在100多个热带和亚热带国家的人们提供热量，并且作为加工成淀粉和生物燃料以及牲畜饲料的原料（Howeler et al。，2013）。 Xanthomonas axonopodis pv。木薯细菌枯萎病（CBB）的致病因子可引起广泛的作物损害（参见Lopez等人，2012; Lozano，1986）。细菌运动，植物中的生长和引起疾病症状的能力都是细菌适合性和植物对CBB敏感性的重要测量。在这里，我们提出了一个用于可视化植物中的Xam 运动的协议。我们还提供了一种详细的方法来检测木薯叶中期的细菌生长，以及叶片外质层中的细菌生长和疾病症状发展。这些方法将是确定Xam 菌株致病性和开发对CBB有抗性的木薯品种的重要工具。
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