| Filter Retardation Assay for Detecting and Quantifying Polyglutamine Aggregates Using Caenorhabditis elegans Lysates
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Protein aggregation is a hallmark of several neurodegenerative diseases and is associated with impaired protein homeostasis. This imbalance is caused by the loss of the protein’s native conformation, which ultimately results in its aggregation or abnormal localization within the cell. Using a C. elegans model of polyglutamine diseases, we describe in detail the filter retardation assay, a method that captures protein aggregates in a cellulose acetate membrane and allows its detection and quantification by immunoblotting.
[摘要] 蛋白质聚集是几种神经退行性疾病的标志，并且与蛋白质体内平衡受损有关。 这种不平衡是由蛋白质天然构象的丧失引起的，最终导致其在细胞内聚集或异常定位。 使用 C。 线虫聚谷氨酰胺疾病模型，我们详细描述了过滤阻滞测定，一种捕获醋酸纤维素膜中蛋白质聚集体的方法，并允许通过免疫印迹进行检测和定量。
【背景】帕金森氏症，阿尔茨海默氏症和多聚谷氨酰胺疾病等神经退行性疾病的一个病理特征是在大脑不同区域存在蛋白质聚集物（Soto，2003; Stroo et al。，2017）。在多谷氨酰胺疾病的情况下，编码序列中谷氨酰胺（CAG）重复的异常扩增扰乱了蛋白质的天然折叠。结果，错误折叠的蛋白质暴露其氨基酸序列的区域，这使得它易于与其他蛋白质聚集，形成大的，不溶的聚集体，这可能妨碍正常的细胞功能（综述于Kuiper 等人 ，2017）。
已经开发了几种用于检测不溶性蛋白质聚集体的方法，包括例如染料结合测定（例如，硫磺素T，刚果红，NIAD-4）和电子显微镜检查。过滤阻滞测定是一种快速而灵敏的方法，可检测和定量体内和体外形成的蛋白质聚集体，包括聚谷氨酰胺（Scherzinger et al。 ，1997; Wanker et al。，1999），α-突触核蛋白（Recasens et al。，2018），和amyloid-beta聚集体（Bieschke et ...
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| Measurement of ROS in Caenorhabditis elegans Using a Reduced Form of Fluorescein
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Oxidative stress is implicated in the pathogenesis of various neurodegenerative diseases, including Alzheimer’s disease. Oxidative stress is a result of a disruption of the equilibrium between antioxidants and oxidants, in favor of oxidants. Since mitochondria are major sites of production and reduction of reactive oxygen species (ROS), measurement of ROS levels can help us determine if mitochondrial functional integrity has been compromised. In this protocol, we describe a method to measure the level of ROS in the nematode Caenorhabditis elegans, using ...
[摘要] 氧化应激涉及各种神经退行性疾病的发病机制，包括阿尔茨海默病。 氧化应激是抗氧化剂和氧化剂之间平衡中断的结果，有利于氧化剂。 由于线粒体是主要的产生和活性氧（ROS）减少的部位，ROS水平的测量可帮助我们确定线粒体功能完整性是否受到损害。 在该协议中，我们描述了使用氯甲基-2'，7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯（CM-H 2），测量线虫秀丽隐杆线虫中ROS的水平的方法，DCFDA）。
【背景】ROS的生命周期与线粒体密切相关。超氧化物是由于线粒体中电子传递链的复合物I和复合物III不可避免地发生电子泄漏而产生的。这种超氧化物然后在线粒体基质和线粒体膜间隙中被过氧化氢歧化。通过这些过程产生的超氧化物和过氧化氢被认为是ROS，其中线粒体负责90％的内源性ROS（Balaban等人，2005）。因此，测量ROS水平将提供对线粒体健康状况的了解。在这里，我们提供了一个协议来确定线虫中的ROS水平。使用CM-H 2 DCFDA（一种还原形式的荧光素的渗透细胞氯甲基衍生物）的线虫。一旦进入细胞内，CM-H 2 DCFDA被细胞内酯酶切割，并且由ROS产生的氧化产生的非荧光H 2 DCF被转化为高度荧光的2 '，7'-二氯荧光素（DCF）。活体C中H 2 DCFDA的荧光强度的成像和测量。 elegans ...
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| In vitro RNA-dependent RNA Polymerase Assay Using Arabidopsis RDR6
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) in eukaryotes convert single-stranded RNAs into double-stranded RNAs, thereby amplifying small interfering RNAs that play crucial roles in the regulation of development, maintenance of genome integrity and antiviral immunity. Here, we describe a method of in vitro RdRP assay using recombinant Arabidopsis RDR6 prepared by an insect expression system. By using this classical biochemical assay, we revealed that RDR6 has a strong template preference for RNAs lacking a poly(A) tail. This simple method will be applicable to other RdRPs in Arabidopsis ...
[摘要] 真核生物中的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）将单链RNA转化为双链RNA，从而扩增在调节发育，维持基因组完整性和抗病毒免疫方面起关键作用的小干扰RNA。 在此，我们描述了使用通过昆虫表达系统制备的重组拟南芥RDR6的体外RdRP测定的方法。 通过使用这种经典的生物化学分析，我们发现RDR6有一个强大的模板偏好RNAs缺乏poly（A）尾巴。 这个简单的方法将适用于拟南芥属和其他生物体中的其他RdRPs。
【背景】已经在所有真核生物王国 - 植物，真菌，原生动物和动物中发现RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）基因（Zong等人，2009）。它们将单链RNA（ssRNA）转化为双链RNA（dsRNA），从而扩增在各种生物过程中发挥关键作用的小干扰RNA（siRNA），包括调节发育（Peragine等人， ，2004; Li等人，2005），维持基因组完整性（Volpe等人，2002; Xie等人，2004年， ）和抗病毒免疫性（Mourrain等人，2000; Yu等人，2003; Garcia-Ruiz等人，2010; Wang ，2010）。除了这种RdRP活性之外，RdRP还具有称为末端核苷酸转移酶（TNTase）活性的另一种酶活性（Curaba和Chen，2008; ...
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