6-hydroxydopamine (6-OHDA) Oxidative Stress Assay for Observing Dopaminergic Neuron Loss in Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] The nematode Caenorhabditis elegans is a powerful genetic model that can be used to investigate neuronal death. Research using C. elegans has been crucial to characterize cell death programmes that are conserved in mammals. Many neuronal signaling components, such as those mediating dopaminergic neurotransmission, are preserved as well. Dopaminergic neurons are progressively lost in Parkinson’s disease and an important risk factor to develop this disease appears to be oxidative stress, the increased occurrence of highly reactive oxygen species. Oxidative stress-induced ...
[摘要] 线虫 Caenorhabditis elegans 是一种强大的遗传模型,可用于研究神经元死亡。使用 C进行研究。线虫对于表征哺乳动物中保守的细胞死亡程序至关重要。许多神经元信号传导组分,例如介导多巴胺能神经传递的组分,也被保留。多巴胺能神经元在帕金森病中逐渐丧失,并且发展该疾病的重要风险因素似乎是氧化应激,高活性氧物种的出现增加。通过用多巴胺类似物6-羟基多巴胺(6-OHDA)处理,在动物模型中模拟氧化应激诱导的多巴胺能神经变性,所述多巴胺类似物特异性地摄入多巴胺能神经元。暴露 C后。线虫到6-OHDA,可以很容易地监测荧光标记的多巴胺能神经元的丢失。生物体对氧化应激的敏感性被认为受基础内在氧化应激水平和抵抗氧化应激和氧化应激诱导的损伤的能力的影响。 C.线虫'6-OHDA模型'导致发现保护多巴胺能神经元所需的新基因,并且它有助于确定保守细胞死亡和细胞吞噬途径对多巴胺能神经变性的影响。在这里,我们描述了一个简单的协议,允许在 C中6-OHDA处理后容易检测多巴胺能神经元损失。线虫。
【背景】在暴露于氧化应激诱导药物6-羟基多巴胺(6-OHDA)后,可以在动物模型中概括多巴胺能神经元的逐渐丧失(综述Schober,2004)。与其他神经退行性药物如MPTP(1-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶)相比,6-OHDA更安全,因为它不能通过血脑屏障。 ...
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ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
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Date:
2018-06-20
[Abstract] Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the ...
[摘要] 氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中,一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解,但其控制下的基因集(即它的调节子)仍然没有很好的定义。 在该协议中,我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程,随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析(ChIP-seq)。 PCC 6803(以下简称<集气囊)。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。
【背景】为了维持体内平衡,细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子(TF)控制的,这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而,反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围,我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近,染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是,ChIP-seq使用下一代测序(NGS)的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比,ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制,并且可以研究整个基因组的TF结合位点。
在蓝细菌中,氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA,属于CRP(cAMP受体蛋白)家族的TF(Herrero等人,2001)。在集胞蓝细菌中,NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...
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Hyaluronan Isolation from Mouse Mammary Gland
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Date:
2018-06-05
[Abstract] The glycosaminoglycan hyaluronan (HA) is a key component of the extracellular matrix. The molecular weight of HA is heterogeneous and can reach from several million to several hundred daltons. The effect of HA on cell behavior is size dependent; fragmented HA acts as a danger signal, stimulates cell migration and proliferation and is proinflammatory, native high molecular weight HA suppresses inflammation. Therefore, it is important to analyze HA size distribution when studying the role of HA in tissue homeostasis and pathology. This protocol describes isolation of HA from mouse mammary ...
[摘要] 糖胺聚糖透明质酸(HA)是细胞外基质的关键组分。 HA的分子量是不均匀的,可以达到几百万至几百道尔顿。 HA对细胞行为的影响与尺寸有关; 片段化的HA作为危险信号起作用,刺激细胞迁移和增殖并且是促炎性的,原生高分子量HA抑制炎症。 因此,在研究HA在组织稳态和病理学中的作用时,分析HA的大小分布非常重要。 该协议描述从小鼠乳腺分离HA,但也可以应用于其他组织。 分离的HA的质量足以通过凝胶电泳分析大小分布(Calabro等人,2000)。
【背景】糖胺聚糖HA由N-乙酰葡糖胺和β葡萄糖醛酸二糖组成,并且是细胞外基质的普遍存在的组分。 高分子量HA通过酶促降解和被活性氧和氮物质氧化而碎裂。 在健康组织中,大部分HA具有高分子量。 片段化HA的积累在病理过程中起着危险信号的作用(Tolg等人,2012和2017; Yuan等人,2015)。 例如,HA片段刺激炎症,而高分子量HA抑制炎症。 HA通过与细胞膜受体相互作用影响细胞行为,如细胞迁移和增殖,导致信号通路的激活。 由于受体-HA相互作用受HA大小的影响,HA对组织生物学的影响不仅取决于HA量,而且取决于各个细胞的HA大小分布和HA受体表达。
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