| Self-organization Assay for Min Proteins of Escherichia coli in Micro-droplets Covered with Lipids
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] The Min system determines the cell division plane of bacteria. As a cue of spatiotemporal regulation, the Min system uses wave propagation of MinD protein (Min wave). Therefore, the reconstitution of the Min wave in cell-sized closed space will lead to the creation of artificial cells capable of cell division. The Min waves emerge via coupling between the reactions among MinD, MinE, and ATP and the differences in diffusion rate on the cell membrane and in the cytoplasm. Because Min waves appear only under the balanced condition of the reaction-diffusion coupling, special attentions are needed ...
[摘要] [摘要 ] Min系统确定细菌的细胞分裂平面。作为时空调节的提示，Min系统使用MinD 蛋白的波传播（Min wave）。因此，Min波在细胞大小的封闭空间中的重构将导致能够分裂细胞的人造细胞的产生。闵波出现经由耦合之间反应小号中MinD的，的MinE ，和ATP 和所述differenc ES 在细胞膜上的扩散速度和在细胞质中。因为最小波仅在反应扩散耦合的平衡条件下出现， 特别关注，需要对几个技术要点为闽波在人造细胞重建。该协议描述了一种在人造细胞中稳定产生Min波的技术方法。
[背景 ] 敏系统，它决定了细胞分ER 对称细胞分裂，是在细菌细胞内的组织系统的最显着的例子之一（Rothfield 等人，2005;和罗利特马戈林，2013年）。敏系统使用图案形成在细胞内的时间依赖性蛋白梯度的公知的作为敏波（宽松等人，2008; Halatek和Frey，2012;邦尼等人，2013; Zieske 。等人，2016 ; Kohyama 。等人， 2019 ）。Min波是由两种蛋白MinD 和MinE 的反应扩散耦合产生的。通过与ATP结合，MinD 形成二聚体并附着在膜上。的MinE 被招募到的ATP MinD的和诱导ATP酶的活性MinD的。通过MinE ，ATP- MinD 变为ADP- MinD ，并从膜上脱离。ADP- MinD的被转换回ATP- ...
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| In vitro RNA-dependent RNA Polymerase Assay Using Arabidopsis RDR6
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) in eukaryotes convert single-stranded RNAs into double-stranded RNAs, thereby amplifying small interfering RNAs that play crucial roles in the regulation of development, maintenance of genome integrity and antiviral immunity. Here, we describe a method of in vitro RdRP assay using recombinant Arabidopsis RDR6 prepared by an insect expression system. By using this classical biochemical assay, we revealed that RDR6 has a strong template preference for RNAs lacking a poly(A) tail. This simple method will be applicable to other RdRPs in Arabidopsis ...
[摘要] 真核生物中的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）将单链RNA转化为双链RNA，从而扩增在调节发育，维持基因组完整性和抗病毒免疫方面起关键作用的小干扰RNA。 在此，我们描述了使用通过昆虫表达系统制备的重组拟南芥RDR6的体外RdRP测定的方法。 通过使用这种经典的生物化学分析，我们发现RDR6有一个强大的模板偏好RNAs缺乏poly（A）尾巴。 这个简单的方法将适用于拟南芥属和其他生物体中的其他RdRPs。
【背景】已经在所有真核生物王国 - 植物，真菌，原生动物和动物中发现RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）基因（Zong等人，2009）。它们将单链RNA（ssRNA）转化为双链RNA（dsRNA），从而扩增在各种生物过程中发挥关键作用的小干扰RNA（siRNA），包括调节发育（Peragine等人， ，2004; Li等人，2005），维持基因组完整性（Volpe等人，2002; Xie等人，2004年， ）和抗病毒免疫性（Mourrain等人，2000; Yu等人，2003; Garcia-Ruiz等人，2010; Wang ，2010）。除了这种RdRP活性之外，RdRP还具有称为末端核苷酸转移酶（TNTase）活性的另一种酶活性（Curaba和Chen，2008; ...
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| Measurement of ATP Hydrolytic Activity of Plasma Membrane H+-ATPase from Arabidopsis thaliana Leaves
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] Plant plasma membrane H+-ATPase, which is a P-type ATPase, couples ATP hydrolysis to H+ extrusion and thereby generates an electrochemical gradient across the plasma membrane. The proton gradient is necessary for secondary transport, cell elongation, and membrane potential maintenance. Here we describe a protocol for measurement of the ATP hydrolytic activity of the plasma membrane H+-ATPase from Arabidopsis thaliana leaves.
[摘要] 作为P型ATP酶的植物质膜H sup + -ATPase将ATP水解耦合到H + +/- 挤出，从而在质膜上产生电化学梯度。质子梯度对于二次转运，细胞伸长和膜电位维持是必需的。这里我们描述用于测量来自拟南芥叶片的质膜H + -ATPase的ATP水解活性的方案。
关键词： strong> 拟南芥，ATP水解活性，原钒酸盐，P-型ATP酶，血浆膜H + -ATPase
质膜H + -ATPase活性的测定对于阐明其功能和调节机制是重要的。然而，有时难以确定质膜H sup + -ATP酶的ATP水解活性，因为植物细胞含有许多ATP水解酶。该协议是基于Uemura和Yoshida（1986）和Kinoshita等人的出版物开发的。 （1995）。我们使用KNO 3作为V型ATP酶的抑制剂，钼酸铵作为酸性磷酸酶的抑制剂，寡霉素作为F型ATP酶的抑制剂，NaF作为磷酸酶的抑制剂（Shimazaki和Kondo ，1987; Kinoshita等人，1995）。原钒酸盐抑制P型ATP酶，并且因此可以通过评估来自ATP水解的钒酸盐敏感性P 1释放来用于测量质膜H sup + -ATP酶的活性。释放的P 1与钼酸盐反应形成蓝色络合物，然后可以通过测量在750nm的吸收来量化。
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