| RNA Immunoprecipitation (RIP) Sequencing of Pri-miRNAs Associated with the Dicing Complex in Arabidopsis
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] RNA immunoprecipitation (RIP) is an antibody-based technique used to map in vivo RNA-protein interactions. DBR1, an RNA debranching enzyme, is responsible for the debranching of lariat RNA, for the degradation and turnover of lariat RNAs. It is well known that primary miRNA (Pri-miRNA) is recognized and further processed into mature miRNA by the Dicing complex mainly composed of DCL1 and HYL1. Due to the low abundance of pri-miRNAs, RIP followed qRT-PCR has been widely used to evaluate the binding efficiency of the Dicing complex with pri-miRNAs in previous studies. Therefore, the ...
[摘要] RNA免疫沉淀（RIP）是一种基于抗体的技术，用于绘制体内 RNA-蛋白质相互作用。 DBR1是一种RNA脱支酶，负责套索RNA的脱支，用于套索RNA的降解和转换。众所周知，主要miRNA（Pri-miRNA）被主要由DCL1和HYL1组成的切割复合物识别并进一步加工成成熟miRNA。由于pri-miRNA的丰度较低，RIP随后的qRT-PCR已被广泛用于评估切割复合物与pri-miRNA在先前研究中的结合效率。因此，缺乏对具有pri-miRNA的切割复合物的全基因组评估。随着高通量测序技术的改进，我们成功地使用RIP-seq比较了Dicing复合物与野生型和 dbr1-2 突变体之间的pri-miRNA的结合效率。 。在该方案中，我们提供了在两种不同基因型之间的HYL1-YFP和DCL1-YFP转基因植物中使用GFP捕获珠的RIP-seq的详细描述。该方法可用于评估pri-miRNA与拟南芥中的切割复合物的结合，并且它可以应用于植物中的其他RNA结合蛋白。
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| Expression and Purification of the GRAS Domain of Os-SCL7 from Rice for Structural Studies
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Author:
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2017-02-05
[Abstract] GRAS proteins, named after the first three members GAI, RGA and SRC, has been found in 294 embryophyta species and is represented by 1,035 sequences. They belong to a plant-specific protein family and play essential roles in plant growth and development. Proteins in this family are defined as minimally containing a conserved GRAS domain, which is about 350-450 resides and can be subdivided into five distinct motifs with their name derived from the most prominent amino acids: LRI (leucine-rich region I), VHIID, LRII (leucine-rich region II), PFYRE and SAW and mainly function in the interaction ...
[摘要] 以前3个成员GAI，RGA和SRC命名的GRAS蛋白质已被发现在294个胚胎种，并由1,035个序列表示。它们属于植物特异性蛋白质家族，在植物生长和发育中起重要作用。该家族中的蛋白质被定义为最低限度地含有保守的GRAS结构域，其约为350-450个，并且可以细分为五个不同的基序，其名称源自最突出的氨基酸：LRI（富含亮氨酸的区域I），VHIID ，LRII（富含亮氨酸的区域II），PFYRE和SAW，并且主要在GRAS蛋白质与其配偶体之间的相互作用中起作用（Sun等人，2012）。通过系统发育分析，GRAS家族可以分为十多个亚科，其中SCL4 / 7是一个重要的亚组，对应对环境压力有作用。这里我们描述了Os-SCL7（水稻SCL4 / 7成员）的GRAS结构域的表达和纯化的详细方案，使我们能够使其结晶并确定其结构。
背景 GRAS蛋白是一个大家族，在植物发育和信号转导中起重要作用。结果表明，一些家庭成员如DELLAs起到GA响应植物生长的抑制作用，是GA信号通路（Murase等人，2008）中的关键调控目标，NSP1和NSP2起重要作用在调节结瘤发育和信号传导（Kaló等人，2005）中，蛋白质SCR和SHR一起在控制根和芽的径向图案中起重要作用（Helariutta et ...
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| Quantification of Low Molecular Weight Thiols in Arabidopsis
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Date:
2016-01-05
[Abstract] Low-molecular-weight (LMW) thiols are a class of highly reactive compounds due to their thiol moiety. They play important roles in the maintenance of cellular redox homeostasis, detoxification, and development. Monobromobimane (mBBr) is weakly fluorescent but selectively reacts with thiols to yield highly fluorescent thioethers (mBSR) products, which is especially useful for the quantification of LMW thiols. The stable mBSR products can be separated by high-performance liquid chromatography (HPLC) equipped with a fluorescent detector. The main cellular LMW thiols are L-cysteine, ...
[摘要] 低分子量（LMW）硫醇是一类高反应性化合物，由于它们的硫醇部分。 它们在维持细胞氧化还原稳态，解毒和发育中起重要作用。 单溴溴烷（mBBr）是弱荧光的，但选择性地与硫醇反应产生高荧光硫醚（mBSR）产物，其对于定量LMW硫醇特别有用。 稳定的mBSR产物可以通过配备有荧光检测器的高效液相色谱（HPLC）分离。 主要的细胞LMW硫醇是L-半胱氨酸，γ-谷氨酰半胱氨酸和谷胱甘肽（GSH）。 以下方案描述了从所报道的拟南芥组织中提取和定量L-半胱氨酸，γ-谷氨酰半胱氨酸和谷胱甘肽（Xiang和Oliver，1998; Zhao等人， 2014; Wang ，，2015）。 如果HPLC系统或C18柱不同，可能需要进行修改。
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