| Improving CRISPR Gene Editing Efficiency by Proximal dCas9 Targeting
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) and CRISPR-associated (Cas) systems function as an adaptive immune system in bacteria and archaea for defense against invading viruses and plasmids (Barrangou and Marraffini, 2014). The effector nucleases from some class 2 CRISPR-Cas systems have been repurposed for heterologous targeting in eukaryotic cells (Jinek et al., 2012; Cong et al., 2013; Mali et al., 2013; Zetsche et al., 2015). However, the genomic environments of eukaryotes are distinctively different from that of prokaryotes in ...
[摘要] 集群定期间隔短回归重复（CRISPR）和CRISPR相关（Cas）系统作为细菌和古菌中的适应性免疫系统，用于防御入侵病毒和质粒（Barrangou和Marraffini，2014）。来自某些2类CRISPR-Cas系统的效应核酸酶已被重新用于真核细胞中的异源靶向（Jinek et al。，2012; Cong等人，2013; Mali ，2013; Zetsche等人，2015）。然而，真核生物的基因组环境与CRISPR-Cas系统发展的原核生物的基因组环境有明显的不同。发现哺乳动物异染色质是通过化脓性链球菌Cas9（SpCas9）靶向DNA接近的障碍，并且还发现染色质的基本单位的核小体阻碍了通过SpCas9的靶DNA进入和切割[ （Knight等人，，2015; Hinz等人，2015; Horlbeck等人，2016年） ; ...
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| Observation of Pneumococcal Phase Variation in Colony Morphology
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) is an important human pathogen that causes pneumonia, meningitis, sepsis, and otitis media. This bacterium normally resides in the nasopharynx as a commensal, but sometimes disseminates to sterile sites of humans and causes local or systemic inflammation. This biphasic behavior of S. pneumoniae is correlated with a reversible switch between the opaque and transparent colony forms on agar plates, a phenomenon referred to as phase variation. The opaque variants appear to be more virulent in animal models of bacteremia but are deficient ...
[摘要] 肺炎链球菌（肺炎球菌）是导致肺炎，脑膜炎，败血症和中耳炎的重要人类病原体。这种细菌通常作为共生体存在于鼻咽中，但有时会传播到人类的无菌部位并导致局部或全身炎症。这种双相行为。肺炎支原体与琼脂平板上的不透明和透明集落形式之间的可逆转换相关，这称为相变。不透明变体在菌血症的动物模型中似乎更具毒性，但在鼻咽定殖动物模型中是缺陷的。相比之下，透明变体在动物模型中显示较高水平的鼻咽定植，但相对较低的毒力。我们最近证实，这两种菌落类型之间的肺炎球菌相变是由基因组DNA甲基化（或表观遗传）模式的可逆转换引起的，由DNA甲基转移酶基因的DNA反转驱动。菌落形态的观察是区分具有不同特征（如大小，颜色和不透明度）的菌落的简单且有用的方法。该方案描述了如何利用解剖显微镜研究集落形态的肺炎球菌相变。
【背景】肺炎链球菌是全球儿童细菌性肺炎，脑膜炎和败血症的主要原因（Walker等人，2013）。这种病原体在适应人类宿主的各种生态环境中的成功取决于其显着的表型可塑性（Croucher等人，2013; Johnston等人，，2014a） ，其已被荚膜多糖和表面蛋白质中的菌株间抗原变异反映（Croucher等人，2013和2011），获得新的毒力因子（Park等人， ...
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| Gene Dosage Experiments in Enterobacteriaceae Using Arabinose-regulated Promoters
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] This protocol is used to assay the effect of protein over-expression on fitness of E. coli. It is based on a plasmid expression of a protein of interest from an arabinose-regulated pBAD promoter followed by the measurement of the intracellular protein abundance by Western blot along with the measurement of growth parameters of E. coli cell expressing this protein.
[摘要] 该方案用于测定蛋白质过表达对E适应度的影响。大肠杆菌。 它基于来自阿拉伯糖调节的pBAD启动子的目的蛋白的质粒表达，随后通过Western印迹测量细胞内蛋白质丰度以及E的生长参数的测量。 表达该蛋白质的大肠杆菌细胞。
【背景】基因剂量实验对于了解蛋白质过表达对健康的影响和确定蛋白质丰度的最佳水平至关重要。 几个基因即使在非常低的水平表达也是有毒的。 因此，重要的是从紧密调节的启动子表达蛋白质以使渗漏表达最小化。 在这里，我们已经阐明了在良好表征的阿拉伯糖诱导的pBAD启动子下的蛋白质表达的条件，并且设计了用于测量E细胞内丰度和适应度的方案。 含有过表达质粒的大肠杆菌细胞。
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